Programy komputerowe pomagają zrozumieć RNA

1 mar 2013 r.

Fot. Shutterstock

Bioinformatyka zajmuje się tworzeniem i zastosowaniem w praktyce algorytmów i programów komputerowych, które służą do analizy danych biologicznych, głównie dla takich cząsteczek jak DNA, RNA i białka. Takie badania, których wyniki mogą znaleźć zastosowanie m.in. w medycynie i nanotechnologii, prowadzi kierownik Laboratorium Bioinformatyki i Inżynierii Białka w Międzynarodowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie, prof. Janusz Bujnicki.

Jak tłumaczy uczony, przewidywania komputerowe są mniej pewne niż badania doświadczalne, ale są szybsze i tańsze. Dzięki nim w krótkim czasie można przeanalizować dziesiątki czy setki tysięcy cząsteczek. Bioinformatyka pozwala na analizę bardzo dużej ilości danych i pomaga w formułowaniu hipotez, które potem są testowane doświadczalnie dla wybranych, najbardziej reprezentatywnych przypadków.

 

Ta dziedzina wiedzy znajduje zastosowanie między innymi w medycynie i nanotechnologii. Badania prof. Bujnickiego skupiają się obecnie na odkrywaniu powiązań pomiędzy sekwencjami, strukturami i funkcjami cząsteczek kwasu rybonukleinowego – RNA. Zarówno badanie naturalnie występujących RNA, jak i projektowanie nowych cząsteczek ma duży wymiar praktyczny.

 

"Cząsteczki RNA pełnią kluczową rolę w odczytywaniu informacji genetycznej, w tworzeniu białek i przebiegu wszystkich procesów, które zachodzą w komórkach. Wpływając na cząsteczki RNA w komórce można np. leczyć różne choroby. Na przykład rybosom - zbudowana głównie z RNA maszyna produkująca w komórce białka - jest głównym celem działania antybiotyków. Z kolei małe cząsteczki RNA, takie jak rybozymy, aptamery i małe interferujące RNA, testuje się obecnie w próbach klinicznych jako potencjalne leki na różne choroby genetyczne, nowotwory, czy zakażenia wirusowe” – wylicza rozmówca PAP.

 

Badania nad RNA prowadzi wiele ośrodków i naukowców na świecie. Projekt polskiego badacza jest jednak wyjątkowy i to właśnie on otrzymał finansowanie w ramach konkursu Europejskiej Rady ds. Badań Naukowych - ERC Starting Grant.

 

"Największą innowacją mojego projektu nagrodzonego przez ERC była propozycja, żeby do badań nad RNA wykorzystać takie metody obliczeniowe i doświadczalne, które wcześniej okazały się bardzo skuteczne w badaniu struktury białek. Teraz już wiemy, że takie +białkowe+ podejście bardzo dobrze zdaje egzamin w wielu analizach RNA" – mówi prof. Bujnicki.

 

Zaznacza, że w momencie, kiedy składał swój wniosek po raz pierwszy, to wcale nie było to oczywiste. Niektórzy recenzenci traktowali to wręcz jako herezję, bo RNA i białka mają odmienną budowę chemiczną i w komórce pełnią inne funkcje. Naukowiec dodaje: "No i ja sam byłem traktowany jako +białkowiec+, który wcześniej nie zajmował się RNA, więc jego pomysły odnośnie RNA są z definicji bez sensu".

 

Finansowanie projektu, realizowanego w Międzynarodowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie, wynosi 1,5 mln euro. W ocenie profesora - dla indywidualnego badacza jest to bardzo duża suma pieniędzy. Fundusze przeznaczone zostaną na aparaturę badawczą, odczynniki, programy komputerowe i na wynagrodzenia. W ramach projektu prof. Bujnicki stworzył m.in. nowe miejsca pracy dla doświadczonych badaczy po doktoracie. W tym roku oprócz niego w projekcie pracować będzie 9 osób. Badacz kupił specjalistyczny sprzęt doświadczalny, ponieważ do badań makrocząsteczek biologicznych potrzebna jest bardzo precyzyjna aparatura – za jej pomocą naukowcy testują przewidywania otrzymane metodami teoretycznymi.

 

Projekt jest finansowany przez 5 lat, jego realizacja rozpoczęła się w styczniu 2011 r. Trzy najważniejsze zadania projektu to: stworzenie nowych metod do komputerowego przewidywania i projektowania struktur cząsteczek RNA i kompleksów RNA z białkami, przetestowanie praktycznej użyteczności tych metod oraz zastosowanie ich do zbadania wybranych procesów o znaczeniu medycznym lub biotechnologicznym, w których znaczącą rolę pełnią cząsteczki RNA. Podczas realizacji projektu powstaną m.in. nowe programy komputerowe, które umożliwią projektowanie cząsteczek biologicznych o niedostępnych wcześniej, a przydatnych funkcjach.

 

"Prowadzone w moim zespole badania już doprowadziły do uzyskania wyników o potencjalnym znaczeniu praktycznym. Miałem pomysł na technologię, która umożliwi precyzyjne wycinanie fragmentów RNA z większych cząsteczek, tak jak obecnie robi się z cząsteczkami DNA przy użyciu tzw. enzymów restrykcyjnych. Precyzyjnie przycięte cząsteczki RNA o ściśle zdefiniowanej sekwencji mogłyby posłużyć np. jako bloki budulcowe do tworzenia nowych cząsteczek lub jako małe interferujące RNA – stanowiąc potencjalne leki nowej generacji" – wyjaśnia prof. Bujnicki.

<< < 1 2 > >>

comments powered by Disqus

Nasz serwis używa cookies. Korzystanie z serwisu bez zmiany ustawień Twojej przeglądarki oznacza, że będą one umieszczane w Twoim urządzeniu końcowym i że wyrażasz zgodę na ich używanie. Pamiętaj, że zawsze możesz zmienić te ustawienia w swojej przeglądarce. Więcej o plikach cookies w Polityce prywatności

PUBLIC !!