Przez wiele lat naukowcom wydawało się, że zdrowe płuca to środowisko sterylne, ponieważ z przeniesionych na pożywki próbek nie wyrastały kolonie bakterii. Dopiero techniki identyfikacji molekularnej wykazały, że jest inaczej. Wnętrze płuc to środowisko o sprzyjającej rozwojowi mikroorganizmów temperaturze, dużej wilgotności, bogate w substancje pokarmowe i oczywiście obficie zaopatrzone w tlen.
Jak wykazały liczne prace, obecne w zdrowych płucach bakterie mogą na przykład łagodzić reakcje alergiczne u myszy. Układ immunologiczny (zwłaszcza komórki dendrytyczne i makrofagi) musi odróżniać chorobotwórcze bakterie od niegroźnych, aby nie dochodziło do ciągłego stanu zapalnego.
Dokładne poznanie tych mechanizmów może pomóc nie tylko w leczeniu chorób układu oddechowego (na przykład astmy, POChP czy mukowiscydozy), ale także chorób immunologicznych dotyczących innych narządów.(PAP)